Stojkov przez niemal całą swoją dotychczasową karierę trenerską pracował z młodzieżą. Rozpoczął ja w sezonie 2007/2008, pracując z młodymi zawodnikami BC Zvezdary M-Invest. Przez kolejnych 8 lat rozwijał swoje umiejętności w pracy z juniorskimi ekipami wspomnianego wcześniej zespołu oraz BC Flash. W międzyczasie rozpoczął również współpracę z młodzieżowymi kadrami Serbii – najpierw był asystentem zespołu U-15, a w kolejnych latach pracował w starszych rocznikach.
W 2017 roku Serb był asystentem Vlada Jovanovicia w sztabie kadry U18, która wówczas wygrała EuroBasket w Słowacji. Serbowie przeszli wówczas przez turniej jak burza, przegrywając tylko jeden mecz w grupie z Hiszpanami. Pokonali ich jednak później w finale imprezy 74:62, zdobywając tym samym złote medale.
Stojkov ma też doświadczenie w pracy z ekipami seniorskimi. W sezonie 2015/2016 próbował swoich sił jako główny szkoleniowiec BC Zemun, występującego wówczas w 1. Lidze w Serbii. Później Stojkov wybrał nieco egzotyczny kierunek i wyjazd do Japonii, gdzie przez jeden sezon był asystentem trenera w Nishinomiyi Storks, występującym w lidze B2.
Przed rokiem wrócił na Bałkany, gdzie objął funkcję pierwszego szkoleniowca Primorje 1945, drużyny na co dzień występującej w najwyższej klasie rozgrywkowej w Czarnogórze.